员工迟到的扣款应该在工资表里体现，具体的账务处理如下：
借：管理费用或是销售费用——工资
贷：应付职工薪酬——工资
进行发放时：
借：应付职工薪酬——工资
贷：银行存款
应交税费——应交个人所得税
应付职工薪酬核算企业根据有关规定应付给职工的各种薪酬。企业应设置“应付职工薪酬”科目，核算应付职工薪酬的计提、结算、使用等情况。“应付职工薪酬”科目应当按照“工资、奖金、津贴和补贴”、“职工福利费”、“非货币性福利”、“社会保险费”、“住房公积金”、“工会经费和职工教育经费”、“带薪缺勤”、“利润分享计划”、“设定提存计划”、“设定受益计划义务”、“辞退福利”等职工薪酬项目设置明细账进行明细核算。
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