证券清算款指因买卖证券、回购证券、申购新股、配售股票等业务而发生的应与证券登记结算机构办理资金清算的款项。在会计实务中，企业的证券清算款一般通过“结算备付金”科目或单独设置“证券清算款”科目进行处理。其中“结算备付金”科目主要用于核算证券企业为证券交易的资金清算与交收而存入指定清算代理机构的款项。
若企业的卖出证券成交总额大于买入证券成交总额时，证券清算款应当向相关机构收回，若企业买入证券的成交总额大于卖出证券成交总额时则其证券清算款应当向相关机构支付。
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