会计信息系统评价的方法比较多，大致可以分为两类，分别是基于主观标准的评价和基于客观标准的评价。
基于主观标准的评价是一种“主观”的评价，评价标准是人的主观满意度。用户意识中的经验现象与其他客观标准一样重要，完全可以用项目相关人员的主观满意度作为项目的成败判断标准。基于主观标准的评价方法有专家打分法、满意度调查表、效用评价法等。
基于客观标准的评价是一种“客观”评价，其结果一般不受相关人员主观意愿的影响，一般用一系列量化的指标综合反映被评价的信息系统，并采用一定的数学模型对这些量化指标进行运算，形成最终的评价结果，常见的平衡记分卡、模糊综合评价方法和人工神经网络方法都属于客观标准评价法。
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