个人所得税应计入“应交税费——应交个人所得税”明细科目。应交税费科目核算企业按照税法规定计算应交纳的各种税费，按照应交税费的税种，如“应交个人所得税”“应交增值税”、“企业所得税”等设置明细科目。
代扣代缴个人所得税的会计分录为：
计算并计提工资金额：
借：管理费用（根据员工所属部门计入相应科目）
贷：应付职工薪酬——工资
支付工资：
借：应付职工薪酬——工资
贷：应交税费——应交个人所得税
银行存款
公司代缴纳个人所得税：
借：应交税费——应交个人所得税
贷：银行存款
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