留抵退税的计算公式为：当期留抵税额=当期进项税额-当期销项税额。企业拥有留抵税额必须是当期进项税额大于当期销项税额的情况，若当期销项税额大于当期进项税额，则说明企业应当申报和缴纳当期的增值税税费。
对于留抵退税，我国近年通过下发《财政部、税务总局关于进一步加大增值税期末留抵退税政策实施力度的公告》并明确了存量留抵退税和增量留抵退税的方法。存量留抵退税通过将当期期末的留抵税额与2019年3月31日的留抵税额相比较后，对孰低者的部分实施留抵退税；而增量留抵退税通过将当期期末的留抵税额与2019年3月31日的留抵税额相比较后，根据实际情况对增量的部分或当期期末的留抵税额实施留抵退税。
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