影响回购协议利率的因素主要包括以下四个方面：
1、抵押证券的质量。质押债券的信用等级会影响回购利率的高低，信用等级越高，流动性越好，回购利率越低。
2、回购期限的长短。回购期限与回购协议利率呈正比关系，期限越长，回购利率越高。
3、交割的条件。若采用实物交割的方式，回购利率会降低；若采用其他交割方式，利率就会相对提高。
4、同业拆借利率和贴现利率。两者的变动水平和趋势会影响回购利率的高低。若回购利率在同业拆借利率和贴现利率之上，资金将投向回购协议市场，由此导致回购协议利率下降。
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