小规模纳税人开票的增值税税率为3%和5%，通常称为征收率，发票开具所适用的税率应当以纳税人的应税行为项目为基准进行选择和填写，如纳税人的应税行为属于销售货物等内容的应按照3%的税率进行填写和开具发票。
而近年来为降低小规模纳税人的税负，国家对于小规模纳税人开票所缴纳的增值税也推出了一系列的政策，如《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税征管问题的公告》规定，小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额超过15万元，但扣除本期发生的销售不动产的销售额后未超过15万元的，其销售货物、劳务、服务、无形资产取得的销售额免征增值税。
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