根据《国家税务总局关于支持新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控有关税收征收管理事项的公告》(国家税务总局公告2020年第4号)规定,若公司为一般纳税人,在办理2020年5月属期增值税纳税申报时,应将当期适用免税政策的销售额等项目填写在《增值税纳税申报表》(一般纳税人适用)第8栏“免税销售额”、《增值税纳税申报表附列资料(一)》第19栏免税项目“服务、不动产和无形资产”对应栏次。若公司为小规模纳税人,在办理2020年5月属期增值税纳税申报时,应将当期适用免税政策的销售额和免税额分别填入《增值税纳税申报表》(小规模纳税人适用)第12栏“其他免税销售额”、第17栏“本期免税额”对应栏次。适用免税政策的一般纳税人和小规模纳税人,在纳税申报时,还应当填报《增值税减免税申报明细表》,填写时应准确选择减免税代码,准确填写免税销售额等项目。
根据《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号)第二条、《财政部 税务总局关于调整增值税税率的通知》(财税〔2018〕32号)第二条、《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号)第二条规定,纳税人购进农产品,从依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的,以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额;纳税人购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物的,按照10%的扣除率计算进项税额。因此,你公司购进农产品,如销售农产品的小规模纳税人选择放弃享受减征增值税政策,开具3%征收率的增值税专用发票,你公司取得了小规模纳税人开具的3%征收率的增值税专用发票,即可按上述规定计算抵扣进项税额。
按照《财政部 税务总局关于扩大有关政府性基金免征范围的通知》(财税〔2016〕12号)规定,教育费附加、地方教育附加、水利建设基金的免征销售额仍然是“按月纳税的销售额或营业额不超过10万元(按季纳税的销售额或营业额不超过30万元)”。免征增值税销售额调整至按月15万元(按季45万元)后,对于未开具增值税专用发票的情形,在免征增值税的同时,相应的教育费附加、地方教育附加也随之免除;对于开具了增值税专用发票的情形,当月代开发票的销售额小于等于10万(季度30万)的,代开发票时免征教育费附加、地方教育费附加。