内部审计和财务报表审计区别如下：
1、对内部控制进行了解和测试的目的不同，在财务报表审计和内部控制审计中，注册会计师都需要了解与审计相关的内部控制，并都可能涉及测试相关内部控制运行的有效性，但两者目的不同。注册会计师在财务报表审计中了解和测试内部控制，是为了识别、评估和应对重大错报风险，据此确定实质性程序的性质、时间安排和范围。
2、测试内部控制运行有效性的范围要求不同，在财务报表审计中，针对评估的认定层次重大错报风险，注册会计师可能选择采用实质性方案或综合性方案。如果采用实质性方案，注册会计师可以不测试内部控制的运行有效性；如果采用综合性方案，注册会计师综合运用控制测试和实质性程序，因而需要测试内部控制的运行有效性。
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