微观税收分析的基本方法主要包括：
1、横向比较分析，指同一指标在不同个体、单位、地区之间的比较分析。反映生产成本费用方面的指标有相同的规律特征，以此检验个体数据指标的表现并找出差异较大的个体予以预警。
2、纵向比较分析，指同一个体的同一指标在不同历史时期的数据比较分析，常用的分析方法有趋势分析和变动率分析。
3、数据逻辑关系稽核，指对相关数据之间的逻辑关系进行判断分析，反映纳税人生产经营情况和财务状况的众多数据指标之间所存在的严谨及相互依存的逻辑关系。
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