通过计算机审计的优点在于，提高了电算化系统审计的深度，扩大了审计范围，对输出中发现的问题可以进行深入的分析，为审计结论的形成提供了充分、有力的审计证据。此外，通过计算机审计还可以节省因详细的核对而耗费的人力、物力和时间，为建立在内控评审基础上的抽样审计应用于电算化系统提供了科学的依据。
而通过计算机审计的缺点在于，通过计算机审计对于审计人员的素质要求、审计的硬件配置、软件配置有较高的要求，而我国目前在这些方面仍有较大提升空间，使通过计算机审计得不到广泛的应用。
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