注册会计师采用的函证方式包括：
1、积极的函证方式：即在询证函中列明拟函证的账户余额或其他信息，要求被询证者确认所函证的款项是否正确，或在询证函中不列明账户余额或其他信息，而要求被询证者填写有关信息或提供进一步信息。同时被询证者在所有情况下都必须回函。
2、消极的函证方式：即只要求被询证者仅在不同意询证函列示消息的情况下才予以回函。
注册会计师通过积极函证进行询证而未能收到回函时，应当实施替代审计程序；若注册会计师认为替代程序不能提供注册会计师所需要的审计证据的，则应当确定未能收到回函的情况对审计工作和审计意见的影响。
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