注册会计师能使用的函证方式包括：
1、积极的函证方式：在询证函中列明拟函证的账户余额或其他信息，要求被询证者确认所函证的款项是否正确，或在询证函中不列明账户余额或其他信息，而要求被询证者填写有关信息或提供进一步信息。同时被询证者在所有情况下都必须回函。
2、消极的函证方式：只要求被询证者仅在不同意询证函列示消息的情况下才予以回函。
除了单独选择外，注册会计师也可以根据审计过程中所遇到的实际情况，然后结合两种方式一并使用，如当应收账款的余额是由少量的大额应收账款和大量的小额应收账款构成时，可以对所有的或抽取的大额应收账款样本项目采用积极的函证方式，而对抽取的小额应收账款样本项目采用消极的函证方式。
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