全额拨款和差额拨款的区别是：全额拨款是单位全部费用由国家财政提供，财政可以对单位收入进行全面的管理和监控，而差额拨款财政只负责单位的人员费用，其他费用需单位自筹。
全额拨款是一种政府财政分配的形式，采用全额拨款形式的单位有利于国家对其收入进行全面的管理和监控，也使得单位的经费得到充分的保障，简而言之就是在编人员的工资、福利及绩效等各项待遇均由财政全额拨款支付。
差额拨款是一部分非营利性机构（如医疗卫生机构）的国家拨款方式，采用差额拨款形式的单位，财政对单位的监控较少，单位自由度很高。按照国家有关规定，差额拨款单位要根据经费自主程度，实行工资总额包干或其他符合自身特点的管理办法，促使其逐步减少国家财政拨款，向经费自收自支过渡。
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