甲类医保和乙类医保的区别在于甲类医保针对甲类药物报销，乙类医保针对乙类药物报销。目前，甲类药物是由国家统一制定的、临床治疗必需的、同类药物中价格较低的药物，必须在药店销售；乙类药物则是指能提供临床治疗选择使用的、疗效好、价格较高的药物，除了可以在药店销售外，还可以在普通企业等地方销售。
一般而言，甲类药物能够全额报销，乙类药物能报销一部分，也要自付一部分，各地区的相关政策不同，报销的比例也有所不同。
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